STIS Hidayatullah Balikpapan memiliki struktur organisasi yang kokoh dan terorganisir dengan baik.  Ketua memimpin keputusan strategis dan kebijakan penting, sementara Wakil Ketua, departemen, dan unit berperan dalam pengelolaan program studi dan kegiatan akademik serta administratif. Melibatkan mahasiswa melalui BEM dan organisasi kemahasiswaan, struktur ini menciptakan lingkungan pembelajaran inspiratif, kualitas akademik unggul, dan pengembangan integral dalam ilmu syariah dan keislaman.